ffmpeg が結構便利なのでメモ。

まずはカット。
-ss で開始時間、-tで終わりの時間を指定。
冒頭から90秒だけ切り出す。

$ ffmpeg -i input.mp3 -ss 0 -t 90 output.mp3

で、これだと最後がぶつ切りになっちゃうので最後の2秒をフェードアウトさせる処理を入れるならこうなる。
88秒経過したら2秒かけてフェードアウト。

$ ffmpeg -i input.mp3 -ss 0 -t 90 -af "afade=t=out:st=88:d=2" output.mp3